Elu au conseil municipal de Lyon en 1989 dans l’équipe de Michel Noir (RPR), dont il fut l’adjoint chargé du « Respect des droits », Alain Jakubowicz a aussi présidé de 2001 à 2009 le Conseil lyonnais pour le respect des droits (CLRD), une structure exclusivement financée par la mairie de Lyon, mise en place par Gérard Collomb.
Les frontistes lyonnais n’ont pas manqué de rappeler que lorsqu’il présidait le CLRD « Alain Jakubowicz avait recruté comme stagiaire une jeune musulmane voilée. A l’époque, il n’était pas encore candidat à la présidence de la Licra. Au diable ses grands principes et son sens du dialogue. Il a mis tout le monde devant le fait accompli, provoquant quelques remous du côté des associations ».
Maître Jakubowicz fut également l’avocat de la LICRA et de l’Union des étudiants Juifs de France dans le procès en sorcellerie intenté à Bruno Gollnisch mais dont le vice-président du FN est finalement sorti victorieux.